Mínojská civilizace se zrodila a vyvíjela na sousedním ostrově Kréta již zhruba před 5 tisíci lety. Mínojci byli vzdělaní lidé, schopní obchodníci, umělci i zkušení námořníci. Byli také prvními, kdo v Evropě vytvořil a používal psaný jazyk, který se podařilo rozluštit teprve nedávno. V období největšího rozkvětu ale přišlo něco, co znamenalo konec pro celou mínojskou kulturu. Dochovalo se však mnoho stop, které dokazují její existenci i vyspělost.

Někdy mezi léty 2 000 až 1 600 př. n. l. připluli Mínojci na ostrov Santorini a usadili se v oblasti dnes zvané Akrotiri. Akrotiri mimochodem patřilo mezi významné prehistorické osady egejské oblasti, protože první obyvatelé se zde objevili již v pozdním neolitu (od 4. tisíciletí př. n. l.). Postupem času vznikla na tomto místě celá osada, která se ve střední a pozdní době bronzové (asi 20. až 17. století př. n. l.) vyvinula až do jednoho z hlavních městských center a přístavů Egejského moře.

Mínojci v Akrotiri vybudovali obzvláště rozvinuté město s veřejnými budovami (i vícepodlažními), kamennými domy, ulicemi, tržištěm a dokonce i kanalizací. Město Akrotiri zbohatlo především z obchodu a kromě tradičních řemesel se tu dařilo také umění, jako např. malování barvami, vyrábění šperků apod. Fresky z Akrotiri jsou proslulé zejména svými živými barvami a nádherným vyobrazením.

Několik z nich, nebo alespoň jejich fragmenty se nám dochovaly, a společně s dalšími zajímavými artefakty (jakými jsou např. nářadí, nádobí, mramorové figurky, propracované šperky atd.) je můžeme obdivovat v muzeu Prehistoric Thera. V hlavním městě Fira se nachází také Archeologické muzeum Thera, jehož expozice sleduje historii ostrova Santorini od nejstarších dob až po současnost.

Kolem roku 1600 př. n. l., po sérii menších zemětřesení, ale přišel výbuch sopky nepředstavitelných rozměrů, který zásadním způsobem poznamenal život nejen na Santorini, ale i v blízkém až vzdálenějším okolí. Výbuch vulkánu Strongyli kompletně změnil tvar ostrova a dává se mu za vinu právě i zánik celé mínojské civilizace. Vrstva sopečného prachu a jiných částic ale dokonale zakonzervovala město Akrotiri a archeologické naleziště Akrotiri je dnes unikátní památkovou lokalitou ostrova Santorini.