Dlouhá a zajímavá historie řeckého ostrova Santorini je především fascinujícím příběhem věčného boje člověka a přírody. Sopečný charakter ostrova ovlivňoval a samozřejmě i nadále ovlivňuje každodenní život místních obyvatel. Nepřízní osudu se ale Santoriňané nenechali zastrašit a i přes silnou vulkanickou činnost se na ostrově usídlilo hned několik významných civilizací a národů, které zanechaly nesmazatelné stopy v jeho minulosti.
Sopečný charakter ostrova Santorini je významným faktorem, který se podílel na celé jeho dlouhé historii. Už samotný původ ostrova Kallisté („nejkrásnější“), který se podle legendy o Argonautech a Eufémovi objevil „zničehonic a odnikud“, je podle odborníků pravděpodobně spojený s výbuchem nějaké blízké sopky.
První obyvatelé ostrov Théra osídlili již v dobách pravěku, kolem roku 4 tisíce let př. n. l. Avšak první významnou civilizací, která se nesmazatelně zapsala do dějin ostrova, byli tzv. Mínojci – národ pocházející ze sousedního ostrova Kréta. Mínojci se usídlili na jihozápadě ostrova, v oblasti Akrotiri, v období přibližně 2000 až 1600 př. n. l. Ostrov Théra se tak stal součástí tzv. minojské kultury, která je považována za první evropskou vyspělou civilizaci.
V 17. století př. n. l. došlo ale k obrovské přírodní katastrofě. Vulkán Strongyli, podle něhož se přezdívalo i ostrovu samotnému (Strongyli znamená „kruhovitý“), ukázal svoji nepředstavitelnou sílu. Výbuch sopky doslova rozmetal na kusy celou vnitřní část ostrova a zůstaly tu jen okraje sopečného kráteru.
Ohromná sopečná erupce měla pravděpodobně za následek i zánik celé minojské civilizace. I dnes však můžeme obdivovat její důležitost a vyspělost, protože po výbuchu sopky pokryl minojskou osadu v Akrotiri sopečný popel a prach, který ji tak zakonzervoval až do jejího objevení v roce 1967. V místě je otevřeno i archeologické muzeum. Vykopávky v Akrotiri jsou tak jistě zajímavým tipem na výlet.
K významným památkám z období starověku patří především pozůstatky starověkého města Théra. Město Théra bylo obydleno od 9. století př. n. l., kdy na ostrov dopluli kolonisté ze Sparty a v těžko přístupném horském terénu, poblíž skalního masivu Mesa Vouno, založili novou osadu. Město se rychle rozvíjelo a stalo se důležitým kulturním a obchodním centrem ostrova. To ale skončilo v roce 726 n. l., kdy došlo (jak jinak) k sopečnému výbuchu. Sopečná erupce byla tentokrát mnohem slabší, i tak město poničila a obyvatelé se přestěhovali na pobřeží ostrova. Nalezené artefakty z města jsou vystaveny v Archeologickém muzeu Thera v hlavním městě Fira.
V pozdějších dobách se na Santorini vystřídalo několik mocností. Významnými dobyvateli byli Římané, kteří převzali nadvládu nad ostrovem ve 13. století, čímž započala éra benátské nadvlády. Římané patřili mezi námořní velmoci té doby a dali ostrovu jméno Santorini podle patronky ostrova – svaté Ireny. Z benátského období se dodnes zachovala spousta krásných historických budov, většinou obranného charakteru. V 16. století drželi moc nad ostrovem osmanští Turci, až se v 19. století stal ostrov opět součástí Řecka.
V moderních dějinách 20. století se sopka hlasitěji ozvala ještě jednou, a to v roce 1956. Její výbuch znamenal bohužel katastrofu pro celý ostrov – exploze si vyžádala mnoho lidských životů, byla poškozena řada měst a historických památek, citelné rány utrpěla i infrastruktura ostrova. Život na Santorini se tak rázem propadl o několik tříd níž, do období strádání a chudoby. Ostrov se začal vzpamatovávat až v 70. letech 20. století, kdy místní ekonomika vsadila na rozvoj cestovního ruchu, a dnes patří k nejoblíbenějším turistickým destinací v celosvětovém měřítku.