Rytíři Řádu svatého Jana dokázali díky kvalitnímu opevnění úspěšně čelit nájezdům různých dobyvatelů po více než dvě stě let. Obrat nastal v roce 1552, kdy se na ostrově Rhodos vylodil turecký sultán Sulejman, přezdívaný Nádherný, a společně s flotilou 200 válečných lodí zahájil obléhání. Obléhání ostrova trvalo dlouhých šest měsíců a obě strany byly už velmi vyčerpané. Říká se, že sultán nakonec zvítězil díky zradě jednoho z místních, který mu svěřil, že městská obrana je už na pokraji svých sil. Turci na ostrov ještě jednou silně udeřili a pevnost dobyli. Poslední velmistr řádu Johanitů Villiers de l`Isle Adam byl tak nucen předat vládu nad ostrovem do rukou tureckého sultána a Rhodos se stal součástí Osmanské říše.

Po kapitulaci zde zůstalo 180 rytířů, kterým bylo umožněno odplout. Rytířský řád našel nový domov na Maltě a získal jméno, pod kterým je znám dodnes - Řád maltézských rytířů. Rytíři s sebou vzali také 8 tisíc křesťanů, kolekci výtvarného umění, církevní standarty a relikvie.

Přestože Turci ostrov fakticky dobyli a město Rhodos se stalo hlavním městem Egejské provincie Osmanské říše, nikdy se jim nepodařilo podmanit si místní obyvatele. Pod tureckou nadvládou Rhodos spíše pustl, občas byl nějaký chrám přestavěn na minaret nebo panský dům, v hlavním městě byly také zbudovány turecké lázně. Přílišný zájem ale o architekturu a kulturu na ostrově Turkové neprojevovali a města se pomalu vylidňovala. Hlavní ekonomickou silou ostrova bylo především zemědělství, a to až do 19. století, Rhodos fungoval jako trh se zemědělskými potřebami pro svoji potřebu i pro okolní malé strovy. Jeho mezinárodní význam ale upadal.

Během turecké okupace ostrovu vládl Kapudan Paša a sídlil zde také hlavní správce Egejské provincie Osmanské říše, které byl Rhodos součástí. Ve Starém městě však směli přebývat pouze Turci a Židé, místní obyvatelé se museli odstěhovat do nových předměstí mimo opevněné město. Řečtí dělníci, kteří pracovali ve Starém městě, byli každý večer vyhnáni za jeho hradby. Tak vzniklo Nové město.

Turkům se ale nikdy nepodařilo ovládnout celý ostrov a na Rhodu tvořili vždy pouze menšinu. I proto si některá města dokázala podržet určitou míru samostatnosti, včetně hospodářské činnosti – zejména Lindos. V roce 1821 se proti Turkům vzbouřili pevninští Řekové a získali svou nezávislost. Ale Rhodéňané byli příliš vyčerpaní a zůstali pod tureckou nadvládou i nadále. Turci ostrov okupovali až do roku 1912.

Památky:

Dlouhých 400 let turecké nadvlády udělalo s Rhodem své. Kdysi vzkvétající ostrov postupně pustl a upadal, a to včetně architektonické a umělecké činnosti. Turci se o zdejší stavby příliš nestarali a neopravovali je. Tento stav ještě zhoršilo několik silných zemětřesení, které ostrov zasáhlo. Některé budovy byly zbourány, nějaký kostel občas přestavěn na minaret. V hlavním městě vzniklo několik mešit a veřejné lázně. Dnes se tato část Starého města nazývá jako „turecká čvrť“.